A estrutura orgânica do MPTCU é disposta em órgãos de execução e de administração superior e em unidades de assessoramento:
Os órgãos de execução, em sua missão de guarda da lei e fiscal de sua regular aplicação, têm por atribuição promover a defesa da ordem jurídica, requerendo, perante o Tribunal de Contas da União, as medidas de interesse da justiça, da administração e do Erário.
O procurador-geral tem a responsabilidade de manifestar-se na sessão em que se aprecia o parecer prévio das contas prestadas pelo Presidente da República e atuar nos processos relacionados a essas contas, quando a audiência do Ministério Público junto ao TCU é solicitada.
Além disso, os membros do MPTCU têm o papel de propor medidas de interesse público, contribuindo para a tomada de decisões e para a formação da jurisprudência do TCU. Suas funções englobam a presentação de representações ao Tribunal, a manifestação em incidentes de uniformização de jurisprudência, a adoção de medidas para a cobrança judicial de dívidas, o arresto de bens de responsáveis julgados em débito e a atuação em processos de tomada ou prestação de contas.
O procurador-geral é responsável pela gestão institucional, administrativa e funcional do MPTCU, tendo sob sua responsabilidade a coordenação das atividades do órgão e a representação dele no âmbito institucional. O Colégio de Membros, integrado por todos os membros da carreira, é um órgão consultivo e deliberativo, enquanto a Corregedoria fiscaliza as atividades funcionais e a conduta dos membros, assegurando a integridade e a eficiência da atuação do MPTCU.
Os gabinetes do procurador-geral, dos subprocuradores-gerais e dos procuradores têm por finalidade prestar apoio técnico e administrativo, assessorar as decisões institucionais e estratégicas e garantir a interlocução eficiente com as unidades do Tribunal de Contas da União. O Gabinete de Apoio Executivo (GAEX), além de assessorar o procurador-geral, tem por atribuição coordenar as atividades organizacionais do MPTCU, promovendo o planejamento institucional e a implementação das ações necessárias para o cumprimento de suas funções.