Entre os órgãos de administração superior do Ministério Público junto ao Tribunal de Contas da União, encontra-se a Corregedoria, responsável por fiscalizar as atividades funcionais e a conduta dos Membros do MPTCU.
As atividades são realizadas pelo Corregedor do MPTCU, que é designado pelo Procurador-Geral entre os ocupantes do cargo de Subprocurador-Geral. O Corregedor deve exercer suas funções simultaneamente às de seu cargo.
A Corregedoria possui várias atribuições, entre as quais se destacam:
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