Entre os órgãos de administração superior do Ministério Público junto ao Tribunal de Contas da União, está o Colégio de Membros.
O Colégio de Membros é um órgão consultivo e deliberativo, sendo responsável por fornecer orientações e decisões sobre determinados assuntos. Além disso, como órgão deliberativo, cabe discutir e analisar questões de relevância ao Parquet especial.
O Colégio de Membros possui várias atribuições, entre as quais se destacam:
O Colégio de Membros é composto por todos os Membros do MPTCU em exercício e é presidido pelo Procurador-Geral.